События Jagged Alliance разворачиваются на тропическом острове Метавира, на территории которого растёт редкое растение, чей сок используется для получения современного лекарства от рака. Медицинский промышленник Джек и его дочь Бренда были первоначальными исследователями целебных свойств этого растения. Помощник Джека Лукас Сантино захватил большую часть острова и важнейшие данные об исследованиях лекарственного растения. Потеряв контроль над островом, Джек на свои последние средства нанимает военного командира (в роли которого выступает игрок), чтобы восстановить контроль над островом. 

Задача игрока — собрать отряд наёмников, которые будут воевать, исследовать, захватывать и удерживать новые территории. Чем больше территорий принадлежит игроку, тем больше денег он получает на регулярной основе (при условии, что у него достаточно сборщиков сока и перерабатывающих фабрик). Заработанные таким образом деньги идут на оплату контрактов наёмников и работу сборщиков и охранников.