События Valkyria Chronicles 2 стартуют спустя два года после окончания затяжной войны между европейской страной Галлией и злой Империей. Несмотря на сокрушительную победу, Галлия переживает тяжелый восстановительный период своей истории – люди фактически заново отстраивают разрушенные города и восстанавливают мирное течение жизни в стране.

Как вдруг на ее землях возникает революционное движение, которое под видом мести за этнические чистки и прочие бесчинства хочет заграбастать власть в Галлии. Предводители движения быстро собирают армию и начинают гражданскую войну. Регулярная армия Галлии находится, мягко говоря, не в самой лучшей форме после битвы с Империей, так что на защиту родины отряжают молодых кадетов из военных академий. Одним из них становится главный герой – 17-летний вояка Эван Хардинс, которому доверят командование целым отрядом.

Боевая система в Valkyria Chronicles 2 немножко изменилась. В основном за счет подправленного списка классов персонажей. Скауты, штурмовики, инженеры и гранатометчики остались нетронутыми – им только добавили несколько новых способностей, которые можно разучить за полученный в боях опыт.

Снайперов же разжаловали – они теперь представлены в виде отдельного апгрейда для скаутов. Отдельного класса для них не предусмотрено. Есть и новички – тяжеловооруженные солдаты, которые умеют обезвреживать мины, носят с собой огромный щит, обеспечивающий защиту от пулеметных очередей, и здоровенный молот, способный отправлять врага в нокаут одним ударом. Каждый боец, как и всегда, укомплектован именем, уникальной внешностью и талантами, открывающимися в зависимости от места и условий битвы. Их оружие можно прокачивать, танки тоже поддаются улучшениям.