Платформер в котором игрок управляет марионеткой по имени Кутаро. Во время своего путешествия Кутаро должен спасти свою душу и вернуть украденную голову. В игре используется необычный механизм, при котором Кутаро меняет головы, каждая из которых обладает уникальными способностями и помогает преодолевать различные препятствия и решать головоломки.

Сюжет Puppeteer разворачивается на фоне театрального представления, где каждый уровень является сценой, а переходы между ними сопровождаются занавесом и аплодисментами. По мере прохождения вам будут попадаться различные персонажи, каждый из которых имеет свою историю и характер.