24 августа 1964 года с неба спускается единственный солдат. Кодовое имя этого человека — Нейкед Снейк. Это война одного человека, и будущее мира теперь полностью лежит на его плечах.

Снейк должен проникнуть во вражеские зоны и уничтожить своих главных противников. Для этого в его распоряжении есть внушительный арсенал оружия, однако основной упор в игре делается на скрытное прохождение и избежание прямых столкновений с врагом. В отличие от предыдущих игр, в этой части большая часть действий происходит на большой открытой местности.

Снейк обладает возможностью маскироваться: взбираться на деревья, прятаться в высокой траве или носить одежду, которая делает его менее заметным. Кроме того, наш герой может уставать и испытывать голод, поэтому ему приходится собирать пайки или даже охотиться на диких животных. Во время прохождения можно получить травмы (например, сломать руку), которые необходимо лечить особым образом.

Также в игре присутствуют битвы с боссами, которые требуют от игрока найти слабые места противника и использовать уникальную тактику, чтобы одержать победу.