Вам совсем не обязательно находиться на Главной базе, чтобы использовать её функции управления. Большинство из них доступно во время прохождения миссий, в разделе меню «Главная база». Наиболее продуктивно посещать этот раздел в перерывах между миссиями, чтобы спланировать стратегию развития базы после получения новых сотрудников.
Почему же следует прилетать на Главную базу? Во-первых, на базе Снейк может принять душ, чтобы смыть себя кровь и избавиться от усталости, а также избежать жужжания мух во время прохождения миссий. Во-вторых, посещая базу и находясь в зоне видимости ваших бойцов, вы увеличиваете их боевой дух, что в свою очередь увеличивает общую производительность базы. В-третьих, вам придется посещать ваших союзников D-Dog и Молчунью на базе, чтобы использовать их во время миссий.