Confrontation предлагает игрокам примерить на себя роль оперативника спецназа, который должен выполнять опасные миссии по борьбе с международным терроризмом в различных уголках мира. Вступить в бой можно на стороне одной из пяти международных спецназовских групп: американских NAVY SEALs, британских SAS, испанских UOE, немецких KSK и французских 1er RPIMa. 

Геймплей игры сфокусирован на командной тактике и кооперации с другими игроками. Одной из особенностей SOCOM: U.S. Navy SEALs Confrontation является глубокая кастомизация персонажей и оружия. Игроки могут настроить внешний вид своего бойца, выбрав различные формы, обувь, головные уборы и аксессуары. Кроме того, оружие можно модифицировать, добавляя различные оптические прицелы, глушители, лазерные целеуказатели и другие аксессуары для улучшения характеристик и эффективности в бою. Это позволяет игрокам создать своего уникального персонажа, который соответствует их стилю игры и предпочтениям.