Третья часть серии тактических ролевых игр, посвящённых конфликтам в будущем мире, где главную роль играют боевые роботы — ванзеры. Игра предлагает две разные кампании, которые зависят от выбора игрока в начале. Каждая кампания раскрывает свою сторону сюжета и позволяет узнать больше о мире игры.
Игровой процесс Front Mission 3 состоит из пошаговых сражений и настройки ванзеров. В сражениях игрок командует четырьмя персонажами, управляющими своими ванзерами. Сражения проходят на картах, разделённых на клетки. Игрок может перемещать своих персонажей, атаковать противников, использовать предметы и навыки.
Ванзеры имеют четыре части: тело, правую и левую руки и ноги. Каждая часть имеет свои параметры и может быть повреждена или уничтожена. Повреждение тела уменьшает здоровье персонажа и может привести к его смерти или капитуляции. Повреждение рук лишает персонажа оружия или навыков, а повреждение ног замедляет его и ухудшает мобильность. Игрок может атаковать как сам ванзер, так и пилота внутри него, если тот высунулся из кабины.
В режиме настройки ванзеров игрок может менять их запчасти, оружие, предметы и программы.