Сюжетная часть El Shaddai: Ascension of the Metatron будет глубоко копать религиозную тему. За основу взяты тексты из Книги Эноха, одного из апокрифов Ветхого Завета, и довольно необычный мотивчик — грозящий человечеству всемирный потоп. Главный герой — простой священник по имени Энох. Отправной точкой для старта сюжетной линии в El Shaddai является момент, когда Бог поручает ангелам присматривать за человеческим миром с небес. Увы, ангелы не справляются с этим заданием. Волею судеб некоторые из них прониклись любовью к людям и совершили ужасный грех — спустились на Землю. Теперь миру грозит очередной потоп.

Однако прибывший на небеса Энох просит провидение попридержать коней и подписывается на задание мировой важности — сам Бог поручает Эноху поймать всех падших ангелов. На всякий пожарный ему выдают напарника по имени Люцифер — очень могущественного ангела, чья сила настолько велика, что он может свободно путешествовать во времени и пространстве. Люцифер будет давать Эноху дельные советы и сопровождать его на каждом шагу.

Чисто механически El Shaddai представляет из себя смесь платформера, где нужно много прыгать и бегать, и экшен/адвенчуры от третьего лица с очень простой боевой системой, завязанной на использовании всего двух кнопок и нескольких видов оружия вроде меча, лука и так далее.