Blazing Angels 2: Secret Missions of WWII является продолжением Blazing Angels: Squadrons of WWII и повествует о приключениях элитного отряда американских пилотов, выполняющих секретные миссии во время Второй мировой войны.
Сюжет игры состоит из 18 миссий, которые проходят в разных уголках мира, от Европы до Азии. Игроку предстоит управлять различными самолётами, как реально существовавшими, так и прототипами и экспериментальными моделями. Каждый самолёт имеет свои характеристики и особенности, а также может быть модифицирован с помощью разных улучшений и оружия. В игре также присутствуют боссы — огромные вражеские самолёты и зенитные установки.