В центре сюжета игры находится юный герой по имени Ико, обладающий рогами, что считается дурным предзнаменованием среди обитателей его родного поселения. В результате воины изгоняют мальчика и сажают его в забытую крепость. В ходе осмотра мрачного замка Ико сталкивается с Ёрдой — дочерью могущественной Королевы, которая планирует использовать тело девушки для продления собственной жизни.
Осознав роковые планы Королевы, Ико решает совершить побег из замка вместе с Ёрдой, постоянно отражая атаки таинственных теневых существ. В процессе игры участник управляет Ико, который исследует территорию крепости, разгадывает сложные головоломки и помогает Ёрде преодолевать многочисленные препятствия.
