Очень похоже на баг. Проходил это место еще до патча.
Когда добираетесь до грузового отсека (там часть экипажа ныкается) сохранитесь нормальным сохранением.
Будет задание - помочь экипажу перебить тифонов. Я это задание выполнил, но оно не засчиталось обычным образом. Просто потом погасилось при переходе на другой уровень.
И уже потом, через 10 наигранных часов, при выполнении другого задания и возвращении в грузовой отсек, оказалось что там уже куча этой желтой фигни и все погибли. :( На ютубе глянул - там все живы.
Так что имейте ввиду или дайте совет тем, кто еще до этого места не добрался. Кто-нибудь с этой фигней сталкивался?
p.s. Смирился, погоревал, но перепроходить не стал.
Жёлтая нить распространяется по продвижению сюжета. Но умирают всё-равно не все. Часть уходит, например к Нам в кабинет. Наверное умирают только "статисты" .