Действие игры происходит в мире Полигона спустя некоторое время после завершения миссии игрока в первой части. Исчез контроль Супера и механоидам стали доступны новые сектора, новые возможности. После Реформации — процесса, к которому, как думают Считающие, приложил силы сам Наблюдатель, — механоиды изменились. Многие старые кланы исчезли. Ушли в небытие их примитивные цели.

Новые кланы с механоидами пятого поколения во главе — это мощные формирования механоидов, с четкой стратегией и масштабными целями. Взаимоисключающие интересы привели к войнам, которые велись уже не ради рейтинга или иллюзии превосходства, а ради тотального уничтожения противника. Возможность контролировать ресурсы позволила сильным кланам уничтожить или изгнать слабые, действуя не только военным, но и экономическим путем.

Настало временное равновесие — никто не мог изменить ситуацию в свою пользу. Тогда Считающие, один из немногих сохранившихся с прошлых времен кланов, призвали того, кто сможет найти и вернуть в Полигон самого первого механоида пятого поколения. Такой герой нашелся. Им оказался один из лидеров клана, недавно проигравшего войну. Для него это задание стало возможностью попытаться вернуть былое могущество или даже обрести новое.

Особенности игры:
- Население игрового мира подверглось серьезным улучшениям. Глобальный интеллект кланов станет достойным противником интеллекту игрока.
- Возможность создания и управления собственным кланом, состоящим из реально действующих механоидов.
- Возможность захвата баз и прочих строений вплоть до установления контроля над секторами.
- Расширенные возможности по взаимодействию с другими механоидами.
- Еще более масштабный игровой мир: три новых сектора на поверхности планеты, один под землей. Увеличено количество подземных мини-локаций, в которых будет происходить множество важных для сюжета событий. Мощная система апгрейдов оборудования, позволяющая улучшать практически все элементы глайдера.
- Улучшенная торговая система. Возможность торговать обломками и сырьем.
- Новые интересные задания, дополненные бесконечным множеством генерируемых заданий.
- Увеличение количества типов рейтинга до трех: торговый, боевой и курьерский.
- Рейтинги, совместно с улучшенной системой отношений, позволят добиваться желаемого результата не только с помощью оружия.