Действие Harold Halibut разворачивается в далёком постапокалиптическом будущем. 250 лет назад, на заре холодной войны, группа учёных отправила в космос гигантский ковчег с последними представителями человечества. Их целью было найти пригодную для жизни планету и спасти род людской от верной гибели.

Однако что-то пошло не так. Корабль совершил вынужденную посадку на дно океана некоей далёкой планеты. Несмотря на все усилия, поднять «Федору» со дна так и не удалось. Прошли десятилетия, на борту выросло уже не одно поколение людей, но надежда вернуться к звёздам не угасала.

Вы оказываетесь в роли молодого ассистента Гарольда, который помогает главному учёному экспедиции Жанне Моро в её изысканиях. Вместе им предстоит разгадать тайну затонувшего корабля и найти способ спасти его обитателей. Эта задача осложняется ещё и тем, что за столетия под водой на борту возникла удивительная, полная чудес экосистема.

По ходу игры вам предстоит познакомиться со множеством колоритных персонажей, исследовать загадочный мир «Федоры» и помочь Гарольду определить для себя истинное значение слова «дом».