Resident Evil: The Darkside Chronicles повествует о событиях, происходивших во время вспышек Т-вируса в Раккун-сити и Южной Америке. Игроки могут управлять несколькими персонажами из серии Resident Evil, такими как Леон Кеннеди, Клэр Редфилд и Шерри Биркин.

Игра состоит из трёх основных сценариев: Операция Хавьер, Воспоминания о Потерянном Городе и Игра Забвения. «Операция Хавьер» рассказывает о миссии Леона и Краузера в Южной Америке в 2002 году, где они сталкиваются с наркобароном Хавьером Идальго, который использует Т-вирус для своих целей. «Воспоминания о Потерянном Городе» воссоздаёт события Resident Evil 2 с точки зрения Леона и Клэр, которые пытаются выжить в заражённом Раккун-сити в 1998 году. «Игра Забвения» пересказывает сюжет Resident Evil: Code Veronica с точки зрения Клэр и её брата Криса Редфилда, которые противостоят организации Umbrella и пытаются сбежать с острова Рокфорт.