Сюжет игры будет виться вокруг Федерации и Клингонской Империи, объединяющих усилия для защиты и, по всей видимости, будущей войны с недавно открытым Видом 8472. С ним связана неизведанная зона жидкостного пространства, в которой довелось побывать экипажу U.S.S “Вояджер”, что докладывал об огромном количестве находящейся там материи, но ее там куда больше.

 Это и кое-что еще поймут участники совместной исследовательской миссии, когда их корабли будут в аварийном состоянии. Манящее материей пространство оказалось хитроумной ловушкой Вида 8472, из которой уже не суждено выбраться.