Весь игровой мир в S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо является вымышленной вселенной. Действие происходит на территории Чернобыльской Зоны Отчуждения в альтернативной реальности, где в 2006 году на ЧАЭС произошла вторая катастрофа, по масштабам превзошедшая первую. Охватывает временной промежуток с 1986 до 2012 года. В общих чертах повторяет структуру реального мира, главным отличием является изменённый ход событий после аварии на Чернобыльской АЭС и наличие большого количества аномальных образований. География мира делится на две части: Зона — территория на месте ЧЗО с повышенной аномальной активностью и «Большая земля» — внешний мир за пределами Зоны. Границы Зоны огораживает охраняемый периметр, на немногих путях в неё установлены армейские блокпосты. Допуск гражданских лиц без спецпропусков категорически запрещён. Лица, нарушившие запрет, задерживаются, а при оказании вооружённого сопротивления — уничтожаются. Однако это не помешало освоению Зоны искателями приключений, отчаявшимися людьми, дезертирами, криминальными личностями и так далее. Они называют себя сталкерами. Основная их деятельность — добыча ценных аномальных образований — артефактов — для продажи местным торговцам, после чего «хабар» уходит за Периметр. Деятельность сталкеров этим не ограничена: кто-то в Зоне сражается за идею, кто-то убивает других за деньги, кто-то просто выживает как может. Некоторые сталкеры объединяются в крупные группировки, другие же предпочитают одиночный образ жизни.
История мира игры
26 апреля 1986 года в 1:24, в результате проведения плановых работ, на 4-м энергоблоке ЧАЭС произошёл взрыв реактора, который разрушил здание энергоблока, и большое количество радиоактивных материалов было выброшено в атмосферу. Заражению радионуклидами подверглись обширные территории Советского Союза и других стран. В радиусе 30 километров от станции была проведена полная эвакуация населения и образована зона отчуждения с охраняемым военными периметром.
Остальные энергоблоки ЧАЭС продолжали работать, что открыло возможность создания комплекса секретных лабораторий с индексом «X». Группа учёных изучала гипотезу о ноосфере — информационной оболочке Земли. Ими был создан «генератор излучения Кайманова» — источник пси-излучения. Побочным результатом исследований стало открытие способностей живых существ генерировать направленное пси-излучение. В лаборатории X-16 был создан биологический излучатель (гигантский мозг). Проводилось облучение биологических образцов пси-полем разной интенсивности. В испытательных цехах проводились разработки новых видов вооружения, в частности «изделия № 62», функционирующего по принципу Гаусс-пушки.
Главной целью исследовательских работ был контроль над ноосферой. Появился проект «О-Сознание», его участники объединились в общую сеть, создав коллективный разум. Близ ЧАЭС были возведены Генераторы.
12 апреля 2006 года, в 14:33 эксперимент вышел из-под контроля — произошёл прорыв Ноосферы в материальный мир. Над территорией Зоны была отмечена вспышка света необычайной интенсивности, «и было видно, как в небе испаряются облака». Потом «пришёл страшный грохот, содрогнулась земля». «Энергия ноосферы» с этого момента значительно изменила физические законы, а также флору и фауну указанной территории. Через сутки войска полностью оцепили Зону по периметру, однако внутри периметра осталось ещё много людей. Спасательные операции были отменены из-за высокой аномальной активности. Размеры Зоны были нестабильны и скачкообразно увеличивались, поглощая военный периметр раз за разом.
2007-2008 годы. Зона продолжает расти. Причина катастрофы ещё не установлена. Жертв трагедии всё больше. Редкие научные экспедиции заканчиваются неудачами. Становится известно о фантастических аномальных образованиях и мутировавших видах живых существ, обладающих удивительными способностями.
2009 год. На территории Зоны по разным оценкам присутствуют от одной до трёх сотен «неучтённых лиц», называющих себя «сталкерами». Они занимаются поиском так называемых артефактов — аномальных образований с определёнными свойствами, имеющих высокую цену. Многие сталкеры начинают объединяться в группы, создавая основу для крупных сталкерских кланов.
2010 год. Вслед за сталкерами-одиночками за исследование Зоны принимаются учёные. Организуются экспедиции, появляются мобильные лаборатории внутри Периметра. Несмотря на военный контроль, сталкерство принимает всё больший размах. Центр Зоны всё ещё остаётся недостижимой целью, путь закрывает «Выжигатель мозгов» — неизвестное пока явление, действие которого концентрируется в районе леса к северу от «Армейских складов». Попадая в поле действия «выжигателя» человек теряет рассудок, превращаясь в зомби, либо умирает. Позже выясняется, что «Выжигатель» — экспериментальная модель «излучателя Кайманова», который члены «О-сознания» переоборудовали в систему защиты от проникновения в центр Зоны. Известный путь туда охраняют военные, сдерживая волны мутантов. Этот последний рубеж получил название Барьер. Однако каждый сталкер мечтает беспрепятственно пройти за него, ходят слухи о нетронутых территориях — «Клондайке» артефактов, появляются легенды об Исполнителе желаний — кристалле внеземного происхождения, находящегося на ЧАЭС и якобы ставшего причиной образования Зоны.
2011 год. Доступная часть Зоны исследована почти полностью. Сталкерство достигло своего пика, окончательно сформировались сталкерские группировки. Самые крупные из них — «Долг», сформировавшийся из бывших военных и добровольцев, «Свобода», состоявшая из сталкеров-анархистов, — начинают противоборство за влияние в Зоне. Свои интересы проявляют и военные, охраняющие периметр, бандиты, зарабатывающие на ограблениях сталкеров, а также иностранные государства в лице наёмников. На «Свалке» в кучах радиоактивного мусора сталкеры стали находить много полезного оборудования, формируются группы диггеров. Через местных торговцев осуществляется сбыт артефактов и поставки оружия.
