В Alpha One вы пробуждаетесь после биостазиса в неизвестном регионе галактики. На борту объединённого колониального корабля Альфа вы были частью межзвёздной экспедиции, которая пошла не по плану. Для спасения необходимо было перевести корабль-колонию в режим станции и оснастить космическую капсулу возможностью сбора ресурсов. Вы обнаружили странное кристаллическое вещество, с помощью которого вы смогли создать экспериментальный прыжковый привод, и надеетесь, что однажды он вернёт вас домой на Землю.

Однако вы быстро узнаёте, что у вас есть противник. Вы встречаете разумную форму жизни, которая охотится за теми же ресурсами и считает само ваше существование угрозой. Установите контроль над этими системами, защищайте их, добывайте ресурсы и используйте их для исследования технологий. Вы должны победить врага или остаться в живых, пока не найдёте способ вернуться домой.