Действие Deus Ex разворачивается в мрачном антиутопическом будущем Земли 2052 года. Мир находится на грани коллапса: мировая экономика в руинах, национальные правительства стремительно теряют авторитет, на их месте набирают силу террористические группировки. Ситуацию усугубляет пандемия неизлечимой болезни под названием «серая смерть», косящей население планеты.

Игрок берёт на себя роль Джей-Си Дентона — агента UNATCO, элитного антитеррористического подразделения, призванного защитить мир от глобальной угрозы. Но по мере того, как герой выполняет поручения начальства и распутывает клубок интриг, он начинает понимать, что ситуация куда сложнее, чем кажется на первый взгляд. Оказывается, за кулисами мировой политики действуют тайные общества вроде иллюминатов, стремящиеся использовать кризис для установления нового миропорядка. Чем глубже Джей-Си погружается в это болото конспирологических теорий и паранормальных явлений, тем яснее осознает: он лишь пешка в большой игре, и теперь ему самому предстоит решить, на чьей он стороне.

Геймплей Deus Ex уникален тем, что органично сочетает в себе элементы шутера от первого лица, стелс-экшена и RPG. Перед началом прохождения игрок создает своего персонажа, выбирая его внешность и распределяя очки навыков. В отличие от большинства ролевых игр, в Deus Ex нет привычной системы уровней — опыт напрямую конвертируется в улучшение конкретных умений, будь то владение оружием, взлом замков или медицина.

Главная особенность игры — нелинейность и свобода в выборе подхода к выполнению миссий. Практически каждую задачу можно решить несколькими способами: где-то достаточно грубой силы и навыков обращения с оружием, где-то лучше действовать скрытно, взламывать замки и обходить врагов. Более того, порой игра награждает внимательных игроков, обнаруживая альтернативные пути, недоступные при лобовом подходе. Так, заручившись поддержкой определенного NPC и узнав от него ключевую информацию, вы сможете попасть в нужную локацию через секретный ход, избежав потенциально смертельной конфронтации.

Отдельного упоминания заслуживает разветвлённая система диалогов. В Deus Ex огромное количество текста, раскрывающего персонажей и нюансы игровой вселенной. В разговорах с ключевыми NPC нередко приходится делать непростой моральный выбор, влияющий на дальнейшее развитие сюжета. При этом игрок полностью погружается в диалог, не отвлекаясь на посторонние действия — даже камера переключается на вид от третьего лица.