В Assassin's Creed: Bloodlines вы управляете Альтаиром, ассасином, который пытается помешать тамплиерам получить древний артефакт, известный как Яблоко Эдема. Действие игры происходит на Кипре, где вы можете свободно перемещаться по двум городам — Лимасолу и Кирении — и выполнять различные задания, связанные с убийством целей, сбором информации и исследованием окружения.

Игровой процесс Assassin's Creed: Bloodlines очень похож на оригинальную игру, но имеет некоторые отличия и упрощения. Например, в игре нет Орлиного зрения, которое позволяло видеть скрытые объекты и врагов, а также верховой езды.