Спустя два года после победы над инопланетным захватчиком Красным Соколом, Земля вновь оказывается под угрозой. На этот раз человечеству бросает вызов зловещая Чёрная Гадюка, намеревающаяся уничтожить нашу планету. Чтобы предотвратить гибель миллионов, Земная Федерация отправляет отряд своих лучших бойцов из элитного подразделения «Контра» на архипелаг Галуга — предполагаемое место расположения базы захватчиков. Их миссия — разгромить армию пришельцев и уничтожить саму Чёрную Гадюку.

Contra 4 возвращается к классической двухмерной графике и традиционному геймплею ранних игр серии. Управление напоминает Contra 3, позволяя игроку одновременно использовать два вида оружия. Помимо обычных уровней с видом сбоку, присутствуют три уникальных «туннельных» уровня, похожие на те, что были ещё в самой первой Contra.

Игра включает в себя девять уровней с тремя различными сложностями: лёгкой, нормальной и тяжёлой. Лёгкий режим подойдёт для новичков, давая много жизней и продолжений. В нормальном режиме враги атакуют в классическом темпе оригинальной Contra. На тяжёлой сложности скорость и мощь противников значительно возрастает, а ресурсов для игрока становится куда меньше. Концовки игры также различаются на разных уровнях сложности, мотивируя проходить игру снова и снова.