В EVE Online используется боевая система, несколько отличающаяся от других однопользовательских и ММО-игр. Для атаки необходимо выполнить захват цели (захват осуществляется компьютером и не зависит от пространственной ориентации корабля относительно цели) и отдать одному или нескольким орудиям (ракетным установкам) приказ открыть огонь по цели. При этом время, которое потребуется для захвата цели, зависит от характеристик корабля и может улучшаться дополнительным оборудованием; урон будет зависеть от дистанции до цели, точности орудия, соотношений калибра орудия и габарита цели, поперечной скорости цели, линейной скорости движения своего корабля и цели, а также скорости разворота орудия (тяжёлые орудия могут просто не угнаться за целями, имеющими высокую угловую скорость). Ракетное вооружение также имеет свои особые характеристики, кроме того, существуют специальные ракеты, самостоятельно захватывающие цели. На все вышеперечисленные параметры и на характеристики всего оборудования, включая корабль, также будет оказывать влияние степень изучения игроком соответствующих умений.
Дополнительно на ведение боя влияет тип защиты и урона. Каждый корабль имеет прочность корпуса, состояние брони и силовые щиты; вражеский огонь сначала должен уничтожить щиты, прежде чем урон начнёт переходить на броню, и т. д. Тип применяемых боеприпасов и оружие определяют соотношение эффективность против определённого типа защиты. В игре существует четыре общих типа урона: электромагнитный, тепловое излучение, кинетическая энергия и взрывная волна. Первый наносит больше всего урона щитам (точнее, базовая устойчивость щитов к ЭМИ очень низкая), но значительно меньше — броне. Последний — наоборот. Корпус уязвим ко всем четырём типам повреждения в равной степени. Вооружение, соответственно, делится на категории в зависимости от урона, объёма боекомплекта и уровня энергопотребления:
- Лазерные турели — быстро расходуют энергию корабля, при этом фокусирующие кристаллы либо медленно изнашиваются, либо не изнашиваются вовсе. Оружие наносит электромагнитный и тепловой урон. Делится на импульсные лазеры, хорошо действующие против быстрых целей на малой дальности, и более дальнобойные «лучевые» (иначе «непрерывные»).
- Турели гибридного действия — рельсотроны и «бластеры»; последние являются пучковым оружием. Рельсотроны являются наиболее дальнобойным оружием, бластеры — мощнейшим, но наименее дальнобойным. И те и другие расходуют среднее количество энергии и боеприпасов в виде титановых контейнеров с различными веществами внутри.
- Огнестрельное — далёкие потомки земных пушек и пулемётов с большим калибром, часто в несколько метров. Не тратят энергию, зато боеприпасы занимают много места в трюме корабля. Автоматические пушки предназначены для ближнего боя, «артиллерийские» однозарядные орудия — для дальних перестрелок. Широкий выбор боеприпасов позволяет при желании наносить любой тип урона, но основными являются разрывной и кинетический.
- Ракетное и бомбовое оружие — подчиняется специфическим правилам, а точки установки модулей на корабль не взаимозаменяемы. Основными характеристиками ракет являются: скорость и время полёта ракеты, скорость и радиус взрывной волны, тип и сила повреждений. Ракеты и бомбы могут наносить любой вид урона.
- Дроновое вооружение — отдельный вид вооружения, используемый как дополнительный или основной вид оружия. Данный вид оружия отличается от других тем, что вам не требуются боеприпасы, знания навыков на скорость поворота оружия дронов (хотя навыки для улучшения показателей дронов так же существуют: скорость полета, дальность стрельбы, ущерб и здоровье), вам достаточно направить их на противника.
Все типы вооружения имеют также «размер» (малые, средние, большие и сверхбольшие), который ограничивает типы кораблей, на которые оно может быть установлено.
В отличие от большинства других MMORPG, если корабль игрока будет уничтожен в ходе боя, то корабль безвозвратно (за исключением денежной страховки) уничтожается, а его обломки (англ. wreck, специфический контейнер) остаются там, где был уничтожен корабль. Часть оборудования корабля и его груза окажется среди обломков, остальная часть разрушается навсегда, а сам игрок будет перемещён в мини-корабль, который может только летать — спасательную капсулу («яйцо», или «под» (англ. pod) на сленге игроков) рядом с ними. Капсулу также можно уничтожить, после этого убитый «переродится» на станции, потеряв, при этом, все имевшиеся на этом клоне импланты.
