Сюжет Space Tail: Every Journey Leads Home вдохновлён реальными событиями, в ходе которых люди начали покорение космоса, используя для этого животных. Большинство из этих животных не пережили путешествия. Ивтория этой игры рассказывает о приключениях собаки по имени Би, сумевшей в итоге преодолеть все трудности.
Би ждёт длительное путешествие по космосу, где ей будут открываться всё новые и новые планеты. Каждая планета отличается от других и имеет на своей поверхности уникальных обитателей, которые могут либо стать друзьями главной героини, либо быть очень недружелюбными к ней.