Действие Arknights разворачивается в антиутопическом, постапокалиптическом будущем на планете Терра, где люди обладают кемономическими чертами — характерными особенностями животных или мифологических рас.

Природные катастрофы оставляют после себя ценный минерал Ориджиниум, который позволяет использовать «Искусства» (магическую силу), и часто заражают людей прогрессирующей болезнью — Орипатией. Из-за 100% смертности и высокой заразности в момент смерти враждебное отношение к заражённым стало повсеместным, что привело к их массовому карантину и изгнанию правительствами по всему миру и вызвало напряжённость между заражёнными и незаражёнными. 

Игрок берёт на себя роль «Доктора», который руководит командой «операторов» острова Родос, фармацевтической, медицинской и самооборонной организации. По мере распространения Орипатии команда должна искать лекарство, одновременно защищаясь от таких угроз, как Движение Воссоединения, а также инфицированные анархистские военные силы, стремящиеся свергнуть правительство Терры в отместку за преследование жертв Орипатии.