Сюжет игры повествует о том, как генерал Морден, который пытался захватить мир, был повержен и считается пропавшим без вести. Однако его оставшиеся силы продолжают сопротивление, и спецотряд «Сапсан» под руководством Марко и Тармы получает задание уничтожить их. В ходе боевых действий они обнаруживают, что за всем этим стоит инопланетная угроза, которая уже появлялась в Metal Slug 2 / Metal Slug X. Пришельцы похищают одного из героев и клонируют его, а также держат в плену настоящего генерала Мордена. Спецотряд «Сапсан» и армия Мордена объединяются, чтобы отправиться в космос и освободить заложников, а также уничтожить пришельцев.

Игра состоит из пяти уровней, каждый из которых имеет несколько разветвлений и альтернативных путей. Игрок может выбирать разные маршруты в зависимости от своих предпочтений. В игре также есть разные трансформации, которые меняют внешний вид и способности героя. Кроме того, в игре есть множество различных транспортных средств, называемых «слагами», которые помогают игроку в борьбе с врагами. Слаги могут быть наземными, воздушными или морскими, а также иметь разную форму и функцию.