События Assassin's Creed: Shadows разворачиваются в феодальной Японии. В стране идёт война между враждующими кланами, а в тени этих событий, как обычно, действуют ассасины и тамплиеры. На этот раз в игре сразу два главных героя: синоби-ассасин Наоэ и самурай Ясукэ, которым приходится объединить силы.
За каждого персонажа можно играть по-своему. Наоэ полагается на скрытность и хитрость: лазает по крышам, бесшумно убивает врагов и собирает информацию через сеть шпионов. Ясукэ же предпочитает прямые столкновения и открытый бой. У обоих героев свои ветки развития навыков и разные типы снаряжения.
Кроме сражений, важную роль играет работа со шпионской сетью. Чтобы добраться до важных целей, нужно искать информаторов, подкупать чиновников и перехватывать послания. Помогать в этом будут вам союзники-лазутчики, которые делятся сведениями и открывают доступ к новым заданиям.
Есть в игре и своя база, где можно передохнуть между заданиями. Тут же делают новое снаряжение, тренируют шпионов и потихоньку раскрывают истории обоих героев. А ещё базу можно обустраивать по своему вкусу — от практичных улучшений до чисто декоративных.