В SCP: Secret Files под ваше управление попадает помощник исследователя из таинственного фонда под названием SCP. Этот фонд делает всё необходимое для того, чтобы «обезопасить, удержать и сохранить» различные аномалии, которые могут помешать беспечному существованию человечества.
В игре вас ждёт несколько глав в разных жанрах: хоррор, научная фантастика, комедия, мифология, терапия, мелодрама и т. п.
