События Arcade Spirits: The New Challengers разворачиваются в далёком будущем 20XX года, в альтернативной временной линии, где игровые автоматы никогда не исчезали. Вам достаётся роль начинающего геймера, ищущего славы на соревновании Fist of Discomfort 2 Pro Tour. В поисках партнёра для игры вы присоединяетесь к команде игроков, которые проводят время в Good Clean Fun — месте, сочетающем в себе пиццерию, прачечную и зал игровых автоматов. Побеждайте соперников, одерживайте победы в турнирах, налаживайте отношения со своей командной и попытайтесь раскрыть странный аркадный заговор.