Несколько месяцев спустя после событий Trails from Zero, в Кроссбелле наступают мирные времена, и Специальный отдел поддержки обретает новую славу и признание благодаря своим героическим поступкам.
Однако вскоре этот мир нарушается из-за возникновения многочисленных организаций с тайными мотивами. На фоне растущей напряжённости, давление со стороны Эребонианской империи и Республики Кальвард усиливается, а Кроссбелл оказывается между двух огней. Ллойд и его союзники должны подготовиться к грядущим опасностям, поскольку на кону находится безопасность их дома. Мало того, они ещё не представляют, что в ближайшее время в Кроссбелле вспыхнет вершина конфликта, которая определит дальнейшую судьбу этого города...
