Все концовки Atomic Heart

Если агент П-3 решит, что с него достаточно, он может уйти. Он может отбросить все, что делал до этого момента, отбросить смутное воспоминание о своей жене, простить себя за всех людей, которых он убил, и переехать на Карибы. Там он увидит, как горит мир, с напитком в руке с маленьким зонтиком.

Очевидно, бабушке Зине это решение не нравится. Чарльзу (он же Харитон Захаров) тоже, но вместо того, чтобы слушать, П-3 вырывает Захарова из его перчатки и уносится прочь. Игрок получает короткую кат-сцену, описывающий несколько событий, но в конечном итоге остается без ответов.

Если агент П-3 решит вступить на тропу войны против доктора Сеченова, он подпишется на эпическую битву с невероятными силами. Ему придется противостоять доктору Сеченову в одиночку. Это также означает, что ему придется пройти через самых смертоносных телохранителей доктора: Левую и Правую.

Во время битвы П-3 узнает больше о Балеринах и даже поговорит со своей женой. Он медленно вспоминает все, что доктор Сеченов, Захаров и его собственный разум скрывали от него все это время.

После того, как Агент П-3 побеждает Близняшек, он торопливо стреляет в живот доктора Сеченова. Затем врач рассказывает П-3 о затянувшемся обмане Захарова. Оказывается, именно Захаров все это время отправлял П-3 в Лимбо, чтобы совершать кровавые буйства.

Затем Захаров показывает свое истинное лицо, поджарив П-3 почти до смерти, и убегает в соседнее тело Нейро-полимера. Он произносит хорошо отрепетированный монолог о конце человеческой расы и следующей фазе человеческой эволюции. Затем он убивает доктора Сеченова и убегает.

В самом конце P-3 просыпается в Лимбо, его жена зовет его. Он смотрит вверх, чтобы увидеть ее. Она в теле Правой, нисходящего к нему с высоты. Она тянется к нему, они соприкасаются, и игра заканчивается.