Черепашки-ниндзя вновь бросают вызов своему заклятому врагу Шреддеру в TMNT 3: Mutant Nightmare. Третья часть сохраняет привычный стиль графики и управления, но добавляет новые элементы и возможности. Игра представляет собой динамичный экшен, в котором вы можете сражаться как один, так и в компании трёх друзей. Вам предстоит выполнить ряд миссий, в ходе которых вы столкнётесь с армией Трицератонов, пытающихся захватить Землю. Ваша задача — найти и спасти Фуджитоида, который знает все их секреты.

Во время прохождения вы можете сотрудничать с другими черепашками, выполняя комбинированные атаки и спецприёмы. Также в игре есть режим мощного удара, когда черепашка на короткое время становится неуязвимой и может разнести в щепки всех врагов на своём пути врагов. А собирая специальные предметы, такие как кристаллы, вы будете повышать уровень своих черепашек, открывая им новые умения и движения.