В этой игре вы управляете Алексом Мерсером, человеком, обладающим сверхъестественными способностями. Ваша цель — узнать правду о своём прошлом и остановить распространение заразы, которая превращает людей и животных в мутантов.
Геймплей Prototype основан на свободе передвижения и использования разнообразных способностей главного героя. Вы можете бегать по стенам, прыгать с крыши на крышу, летать в воздухе и сражаться с врагами. Во время игры вам также необходимо поглощать жизненную силу других существ, чтобы принимать их облик и восстанавливать здоровье. Поглощая людей, вы также получаете доступ к их воспоминаниям, которые помогают вам разобраться в сюжете игры.
Сюжет Prototype разворачивается в Нью-Йорке, где действует карантин из-за эпидемии вируса. Вы сталкиваетесь с различными фракциями, которые пытаются использовать или уничтожить заразу: армией США, частной военной корпорацией «Чёрный Дозор» и группой инфицированных, возглавляемой Элизабет Грин. В ходе игры вы узнаете о своём происхождении, о роли вируса в эволюции человечества и о том, кто стоит за всем этим.
