В LEGO Indiana Jones 2: The Adventure Continues игроки снова исследуют вселенную Индианы Джонс. На этот раз основная часть игры посвящена событиям четв`ртого фильма серии под названием «Индиана Джонс и Королевство хрустального черепа», а основные три кампании пересказывают эту историю в юмористической, легкомысленной манере, как и в других играх серии LEGO. Остальные кампании, с другой стороны, снова обращены к оригинальным трём фильмам, но с различными сценами и уровнями, которых нет в первой игре.