В недалёком будущем, в Японии, раскинулся гигантский город Амами. Его жители живут в эпоху информационных технологий, где каждый дом подключён к общей сети, а правительство регулирует поток данных. Некоторые компании создают виртуальные миры-сети, которые имитируют реальность. Одна из таких сетей — Paradigm-X, разработанная Algon Soft. В неё проникают Spookies — хакерская группа, которая состоит из восемнадцатилетнего парня и его друзья. Но во время взлома что-то идёт не так, и из сети вырывается загадочный демон по имени Немисса. Теперь хакеры должны разгадать тайну Немиссы и сразиться с Phantom Society — тайной организацией, где действуют призыватели демонов.

Soul Hackers — это игра в жанре киберпанк, которая продолжает традиции предыдущей части и основной серии Shin Megami Tensei. Игрок погружается в футуристический мир, где сражается с демонами при помощи оружия, магии и спутницы-колдуньи. Игрок также может завоевать доверие демонов, общаясь с ними и выбирая подходящие ответы в диалогах. Эти демоны могут стать союзниками игрока и участвовать в боях, а также сливаться друг с другом для создания более сильных. Чем выше лояльность демона к игроку, тем больше его атакующая и магическая мощь.