Группа отважных колонистов отправляется в далёкое путешествие на борту величественного корабля «Марафон», стремясь начать новую жизнь среди звёзд. Главный герой игры, чьё имя неизвестно, присоединяется к ним в качестве защитника и проводника. Но то, что начиналось как обычное путешествие, быстро превращается в кошмар наяву.

Внезапно «Марафон» подвергается жестокому нападению беспощадных пришельцев, известных как Пфор. Эти загадочные и враждебные существа врываются на корабль, сея хаос и смерть на своём пути. Колонисты, ещё недавно полные надежд и планов на будущее, становятся жертвами безжалостной резни.

Суперкомпьютеры «Марафона», некогда всемогущие и непогрешимые, получают серьёзные повреждения в ходе атаки. Один из них едва функционирует, цепляясь за остатки своих возможностей, в то время как другой, охваченный безумием, начинает представлять угрозу не меньшую, чем сами Пфор.

Главный герой оказывается в ловушке между двумя сходящими с ума искусственными интеллектами и полчищами кровожадных пришельцев. В этом аду, где каждый шаг может стать последним, у него остается лишь одна цель — выжить любой ценой и попытаться спасти то, что ещё можно спасти. Но сможет ли он сохранить рассудок и человечность перед лицом невообразимых ужасов, поджидающих его на «Марафоне»? Это вам и предстоит выяснить в этом шутере от первого лица.