Port Royale 3 рассказывает нам историю молодого моряка, путешествующего со своей командой по Карибскому морю в эпоху колонизации Нового Света. Игрок может определить судьбу своего подопечного самостоятельно – стать бравым капитаном, жестоким разбойником или смышленым купцом. В дополнение к этому игроку предстоит сделать выбор между двумя непересекающимися «путями» – отправиться на поиски приключений или заняться торговлей. Первый предполагает регулярные рейды, охоту за сокровищами, грабежи и захват городов. Второй – создание торговых путей, строительство производственных объектов и развитие населенных пунктов.

Помимо сюжетной кампании в Port Royale 3 присутствуют «свободный» режим и многопользовательский. По большому счету, они ничем не отличаются друг от друга. Ну, разве что противниками. В «свободном» против игрока выступит «искусственный интеллект», а в многопользовательском, понятное дело, другой игрок.