В основу сюжета Wolfschanze 1944 положена реальная история о знаменитом заговоре высокопоставленных личностей немецкой армии, решивших устранить самого Гитлера. Под ваше управление попадает полковник Клаус Шенк фон Стауффенберг, чьими руками вы и будете вершить правосудие.
Игра начинается с покушения, которое проваливается, а 20 последующих миссий посвящены исследованию альтернативной истории 1994 года в оккупированных Польше и Германии, где фон Стауффенберг сражается с нацистскими солдатами, пытаясь довести до конца своё дело.
