Wolfenstein 3D переносит нас в альтернативную реальность Второй мировой войны, где игроку предстоит взять на себя роль бесстрашного американского разведчика Уильяма Бласковица по прозвищу «Би-Джей».

Сюжет игры начинается с того, что Би-Джей попадает в плен при попытке раздобыть планы нацистской операции «Железный кулак». Теперь ему предстоит совершить дерзкий побег и пробиться через полчища вооруженных до зубов противников, чтобы добыть ценные разведданные и нанести удар по военной машине Третьего рейха.

Игровой процесс Wolfenstein 3D разделён на 6 эпизодов, каждый из которых состоит из 9 основных и 1 секретного уровня. Уровни представляют собой запутанные лабиринты коридоров и помещений, где игроку предстоит искать ключи, секретные комнаты с бонусами и пути к выходу, параллельно расправляясь с многочисленными врагами.

Противники в игре весьма разнообразны: помимо нацистских солдат разных видов, Би-Джею противостоят сторожевые псы и генетически модифицированные мутанты. Каждый тип врагов обладает своим поведением и реакцией. Некоторые способны услышать звуки выстрелов и поднять тревогу. А в конце каждого эпизода игрока ждёт схватка с особенно опасным боссом.

Арсенал главного героя включает в себя холодное и огнестрельное оружие — нож, пистолет, автомат и многоствольный пулемёт. Самое приятное, что для всего стрелкового вооружения используется единый тип патронов, щедро разбросанных по уровням. Также Би-Джей может подбирать аптечки, бронежилеты и бонусы, увеличивающие его здоровье и защиту.