Way of the Samurai 4 переносит вас в скромный порт Амихама середины XIX века, несколько лет спустя после появления «чёрных кораблей» с Запада, нарушивших долгую изоляцию Японии. Центр Амихамы постепенно превратился в «маленькую Британию», заставленную домами в европейском стиле, где поселились иностранные искатели приключений. Но не все рады новым жителям, и вокруг них разгорается конфликт между тремя разными фракциями.